هدف از کلونينگ فراهم کردن قطعات بی شماری  از يک ژن است که در زمینه های  مختلف تحقيقاتي و پزشکی مورد استفاده قرار می‌گیرد. در حوزه تحقیقات به مواردی مانند آنالیز قسمت‌های مختلف یک ژن مانند پروموتر و یا یک اگزون خاص را می‌توان بررسی کرد و مشاهده کرد که تغییر و حذف نواحی مختلف از یک ژن چه تاثیری روی عملکرد سلول، بافت و یا اندام خاص دارد.از کاربردهاي پزشکي این تکنیک می‌توان به مواردی از قبيل ژن درماني و کاربردهاي صنعتي نظير توليد مقدار زيادي از يک پروتئين مانند انسولین اشاره کرد.